項目概況
項目背景
隨著冷凍電鏡應(yīng)用的不斷發(fā)展,單顆粒冷凍電鏡成為了結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的重要手段之一,但模型重構(gòu)通常需要對幾萬甚至幾十萬張投影圖片進(jìn)行分析、組裝和優(yōu)化,計算量十分龐大。
由月新生科構(gòu)建的冷凍電鏡方案,最初采用多核多線程的CPU服務(wù)器進(jìn)行計算,漫長的計算時間嚴(yán)重阻礙了后續(xù)實驗進(jìn)展。但隨著冷凍電鏡生態(tài)優(yōu)化,大量軟件已支持GPU計算加速,為進(jìn)一步加速實驗中數(shù)據(jù)的二維和三維處理時間,現(xiàn)需對傳統(tǒng)冷凍電鏡方案進(jìn)行異構(gòu)升級。
解決方案
針對客戶的異構(gòu)計算需求,結(jié)合冷凍電鏡實際科研場景需求,超集信息為其提供了基于EMR/SPR平臺的高性能液冷工作站解決方案——ServMAX? TL40-X5。
通過雙路EMR/SPR及4張專業(yè)級GPU搭載,TL40-X5單機(jī)可達(dá)128核心256線程及5940TFLOPS混合算力。在至強(qiáng)平臺高頻高核的算力支撐下,數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備、已處理得到高效優(yōu)化,GPU則利用強(qiáng)大的浮點運算能力和并行處理能力實現(xiàn)了冷凍電鏡三維重構(gòu)軟件的大幅提速,大大縮減了圖像分析、三維重構(gòu)所需時間。
并且,環(huán)溫28℃條件下,TL40-X5 的 CPU 和 GPU 滿載運行溫度穩(wěn)定在 75℃ 以下,且整機(jī)滿負(fù)荷噪音低于50dB,待機(jī)噪音更低至42dB,避免降頻風(fēng)險同時,進(jìn)一步實現(xiàn)了科研環(huán)境條件的優(yōu)化。
客戶價值
相較傳統(tǒng)CPU方案,搭載GPU的異構(gòu)平臺大大提升了數(shù)據(jù)處理效率,面對200 萬左右顆粒的二維分類,每一輪次處理時間僅需 30-50 分鐘,時間縮減約97.5%,2000張照片的整體處理時間可以縮短到2-5天,時間縮減約85%。并且,超集信息液冷方案憑借更高的算力密度和更低的環(huán)境噪音,使冷凍電鏡科研人員有了更佳的使用體驗。